BRCA1 ve BRCA2 Mutasyonlarının Tespitine Yönelik Yeni Nesil Dizileme Temelli Kit Geliştirilmesi ve Rutinde Kullanılan Yöntemler ile Valide Edilmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.authoridhttps://orcid.org/0000-0001-5401-9194en_US
dc.authoridhttps://orcid.org/0000-0002-1661-1282
dc.contributor.authorGirgin Özgümüş, Gözde
dc.contributor.authorGüney, Ahmet İlter
dc.date.accessioned2021-05-01T22:16:45Z
dc.date.available2021-05-01T22:16:45Z
dc.date.issued2021en_US
dc.departmentİstanbul Gelişim Üniversitesien_US
dc.description.abstractAmaç: Meme kanseri, kadınlarda en yaygın görülen kanser türü olup, Göğüs Kanseri Duyarlılık gen (BRCA1 ve BRCA2) mutasyonlarının meme ve yumurtalık kanserlerinin önemli bir kısmından sorumlu olduğu bilinmektedir. Bu genlerden birinde mutasyon taşıyan bireylerde yaşam boyu meme, yumurtalık, pankreas ve diğer kanserlere yakalanma riski oldukça yükselmektedir. BRCA1/2 gen mutasyonlarına sahip olan kişilerin belirlenmesi, genetik danışma ile tarama sıklığının artırılması ve potansiyel olarak hayat kurtaran önleyici tedavi stratejilerinin uygulanabilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) yöntemi kullanılarak BRCA1/2 genlerinin yeni nesil dizi (NGS) analizi kütüphanelerinin hazırlanması ve NGS analizlerine uygun biyoinformatik iş akışının belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Rutin analizlerde yaygın olarak kullanılan Multiplicom BRCA MASTR™ Dx Kiti ile çalışılmış hastalardan alınan kan örneklerinden, DNA izolasyonu sonrası RT-PZR ile NGS kütüphanelerinin hazırlanması ve her bir örneğin 2 farklı etiket dizi ile işaretlenmesinin ardından NGS analizlerinin biyoinformatik iş akışlarının belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Referans metoda göre test limitleri; %100 duyarlılık, %100 özgüllük ve %100 doğruluk olarak belirlenmiştir. Wilson yöntemi kullanılarak testin güven aralığı CI: %86-%100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: BRCA1 ve BRCA2 genlerinin klinik laboratuvarlar değerlendirmesine uygun verilerin elde edildiği, patojenik mutasyon tespitini yüksek verimlilik ve doğrulukla yapabilen uygun maliyetli bir NGS testinin geliştirilmesi ve analitik doğrulaması bu çalışma ile tamamlanmıştır.en_US
dc.description.abstractAim: Breast cancer is the most common type of cancer in women, and it is well known that Breast Cancer Susceptibility gene (BRCA1 and BRCA2) mutations are responsible for a substantial portion of the breast and ovarian cancers. Individuals carrying a mutation in one of these genes have an increased substantially lifelong risk of breast, ovarian, pancreatic, and other types of cancers. Identifying individuals with BRCA1/2 gene mutations is vital for increasing screening of family members via genetic counselling, and using potentially life-saving preventive measures. The aim of this study is preparation of next generation sequencing (NGS) libraries of BRCA1/2 genes using real time polymerase chain reaction (RT-PCR), and determination of bioinformatic workflow suitable for NGS analysis. Methods: Using blood samples previously analyzed with Multiplicom BRCA MASTR™ Dx kit that is widely utilized in routine practice; DNA isolation was consequently followed by preparation of NGS libraries with RT-PCR, marking each sample with 2 different tag sequences, and determination of bioinformatic workflow for NGS analysis. Results: Compared with the reference method, test limits were: 100% sensitivity, 100% specificity, and 100% validity. The confidence interval was calculated to be between 86 and 100% using the Wilson method. Conclusion: This study resulted in the successful development and analytic validation of a low-cost NGS test kit capable of accurately determining pathogenic mutations of BRCA1 and BRCA2 genes.en_US
dc.identifier.doi10.38079/igusabder.843199en_US
dc.identifier.endpage15en_US
dc.identifier.issn2536-4499
dc.identifier.issn2602-2605
dc.identifier.issue13en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11363/2724
dc.identifier.urihttps://doi.org/
dc.language.isotren_US
dc.publisherİstanbul Gelişim Üniversitesi Yayınları / Istanbul Gelisim University Pressen_US
dc.relation.ispartofİstanbul Gelişim Üniversitesi Sağlık Bilimleri Dergisien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Başka Kurum Yazarıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/*
dc.subjectMeme Kanserien_US
dc.subjectBRCA1en_US
dc.subjectBRCA2en_US
dc.subjectYeni Nesil Dizilemeen_US
dc.subjectNGS Kütüphane Oluşturmasıen_US
dc.subjectBreast Canceren_US
dc.subjectNext Generation Sequencingen_US
dc.subjectLibrary Preparation for NGSen_US
dc.titleBRCA1 ve BRCA2 Mutasyonlarının Tespitine Yönelik Yeni Nesil Dizileme Temelli Kit Geliştirilmesi ve Rutinde Kullanılan Yöntemler ile Valide Edilmesien_US
dc.title.alternativeDevelopment of Next Generation Sequencing Based Kit for the Detection of BRCA1 and BRCA2 Mutations, and Validation With Routinely Used Methodsen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
IGUSABDER Sayı 13 - Makale 1.pdf
Boyut:
642.93 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Makale / Article
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.56 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

IGUSABDER Sayı 13, Nisan 2021 / IGUSABDER Issue 13, April 2021